臭氧在水中对细菌、病毒等微生物的杀灭率更高、速度更快，对水中有机化合物等污染物质去除彻底，而又不产生二次污染。这对食品加工用水有特殊意义。通常生产用水采用氟制剂进行消毒，由于水源受有机化学产物污染日趋严重，氟制剂消毒后会产生氯仿、二氯乙烷、四氯化碳等氯化有机物（ THM ），这些物质具有致癌性，因而欧盟国家已禁止使用氯系列长效消毒药剂，日本也将逐步禁止使用。而臭氧消毒处理后不产生二次污染化合物，且臭氧对细菌的杀灭率比氯制剂更高，杀灭速度大约是氯制剂的 300-600 倍。特别在预冷池消毒中，克服了次氯酸钠消毒后氯残留的缺点，可以高效、经济、简便的杀灭细菌。